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細菌基因組調節(jié)子的染色體排布

點擊次數(shù):13179   發(fā)布時間:2012/11/6 13:53:04

1月3日,著名雜志Plos  One在線刊登了一篇文章“細菌基因組調節(jié)子的染色體排布”(  Genomic  Arrangement  of  Regulons  in  Bacterial  Genomes),文章的通訊作者是來自吉林大學計算機學院的客座教授徐鷹,在文章中,作者用計算機技術來闡述了細菌調節(jié)子的排布規(guī)則。

調節(jié)子是細菌細胞基本的效應系統(tǒng)調節(jié)子,在研究細菌的領域內,調節(jié)子是一個*基本的概念,細菌的調節(jié)子是一組操縱子,是通過相同的調節(jié)網(wǎng)絡來進行的轉錄共調節(jié),調節(jié)子主要包括trans調節(jié)器(一般的轉錄調控因子)和位于操縱子啟動子前的cis調節(jié)結合原件;一個調節(jié)子包含了由一種轉錄因子調節(jié)的很多操縱子。

1964年,科學家提出了regulon(調節(jié)子)這個概念,隨后研究者們在大腸桿菌中K12發(fā)現(xiàn)了173種調節(jié)子,在枯草芽孢桿菌中發(fā)現(xiàn)了更多的調節(jié)子;通俗來講,調節(jié)子被分為兩種類型:局部調節(jié)子和全局調節(jié)子,前者指的是調節(jié)子含有為數(shù)不多的操縱子成分,而后者指的是含有相對多的操縱子成分,盡管我們已經(jīng)學到了已知的調節(jié)子的部分功能性,可是對于調節(jié)子是如何在細菌基因組中發(fā)揮作用的卻知之甚少。

文章的作者徐鷹教授是著名計算生物學家,美國佐治亞大學生物化學與分子生物學系教授,生物信息學研究所所長,兼職吉林大學客座教授,在這篇文章中,作者首次用計算機科學來闡釋細菌基因組中調節(jié)子的組織架構法則,他們選用的是大腸桿菌K12和枯草芽孢桿菌str.168來進行研究,*終作者的結果表明,每一個調節(jié)子中的操縱子趨向于形成一段繞著染色體緊密在一起的基因簇,轉錄因子比轉錄靶點在進化上更有嚴格的規(guī)定,基因組中所有調節(jié)子的操縱子組分的全局排布趨向于使功能得到發(fā)揮。


 

原創(chuàng)作者:上海恒遠生物科技有限公司

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